民間療法として漢方薬がよく使われる。使用方法に関して流儀があるため、漢方医、薬局による違いが大きい。人によって合う・合わないがあるので（合わない場合は増悪することもある）、素人判断は避け、漢方の専門医とよく相談の上で行った方が良い。一方漢方のみに依存して悪化する例も多数見受けられる。漢方に固執しないで悪化したときには皮膚科医にも相談することが大切である。アトピー性皮膚炎に効果があると言われる漢方の内服には証にあわせて消風散（しょうふうさん）、温清飲（うんせいいん）、補中益気湯（ほちゅうえっきとう）など、外用剤には、紫雲膏(しうんこう)・太乙膏(たいつこう)・中黄膏(ちゅうおうこう)などがある。
抗真菌薬の内服が効果があるという報告がある。しかし、一方で、保険診療は認められておらず、医師の間でもその是非について意見が分かれている。
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アトピーの原因は胃腸あるいは小腸が正常に働いていないためにアレルゲンとなる物質が未消化のまま吸収されることや、腸内細菌叢が乱れていることであるとし、これを正常化することにより治療を目指すという考え方がある（プロバイオティックス）。ただし、いわゆる食物アレルギーの場合は別として、本当に患者の腸に異常があるのか、提唱者の方法でそれが改善されるのか、という点は十分に検討されているとはいえず、この方法には疑問が残る。
SOD様食品療法(実際には不飽和脂肪酸、コーヒー、チョコレート、青魚の除去等も含めた複合療法)がある。四国・土佐清水の丹羽耕三医師とその治療法の研究グループが提唱しているものである。いわゆる活性酸素を除去する酵素スーパーオキシドディスムターゼ（SOD）の作用を持つ食品により症状の改善を目指すという。